《口袋妖怪 珍珠》设定于虚构的一个基于日本北海道的岛屿--神奥。 游戏围绕一位新人神奇宝贝训练家收集、训练神奇宝贝并成为神奇宝贝联盟冠军的故事展开。 游戏中初始御三家为：炎系的火焰猴，水系的波加曼和草系的草苗龟。像口袋妖怪系列的大多数游戏一样，游戏中设有八位擅长特定属性的道馆训练家。他们承担了授予优秀的新人训练家道馆徽章的职责，这是推动剧情前进的要素。主角在同时还需要挫败银河团，一个想要将地区改造成乌托邦的敌对组织。
